Jacob Bernays wurde am 11.09.1824 als Sohn des Rabiners Isaac Bernays und seiner Ehefrau Sara in Hamburg geboren.
Nach dem Studium der Klassischen Philologie unter Friedrich Gottlieb Welcker und Friedrich Ritschl wurde Jacob Bernays 1848 in Bonn promoviert und habilitierte sich kurz darauf. Da ihm ein Lehrstuhl an einer preußischen Universität wegen seines jüdischen Glaubens noch verwehrt blieb, wurde Bernays 1853 zunächst Professor für Altertumskunde am jüdisch-theologischen Seminar in Breslau.
1866 wurde er schließlich als außerordentlicher Professor an die Universität Bonn und gleichzeitig als Oberbibliothekar der Universitätsbibliothek berufen. Beide Ämter übte Jacob Bernays bis zu seinem Tod am 26.05.1881 in Bonn aus.
Jacob Bernays war korrespondierendes Mitglied der Preußischen Akademie der Wissenschaften und der Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen. Sein Bruder Michael Bernays (1834-1887) war Professor der Literaturgeschichte in München, seine Nichte Martha Bernays (1861-1951) heiratete Sigmund Freud.
Einen Teil von Jacob Bernays' Nachlass erhielt die Universitätsbibliothek nach seinem Tod. Von den ehemals 101 Signaturen (S 876 bis S 973a) mussten 68 nach dem 2. Weltkrieg als fehlend festgestellt werden. Der Nachlass ist vollständig in Kalliope1 erschlossen.
Ein weiterer Nachlassteil befindet sich in der New York Public Library2.
Außerdem fertigte Hans Bach (1902-1977) vor dem Krieg Abschriften aus dem Nachlass Bernays der UB Bonn an. Darunter befinden sich auch Transkripte von Materialien, die in Bonn nach dem 2. Weltkrieg als verloren festgestellt wurden. Hans Bachs Dokumente befinden sich heute in der Hans Bach Collection3 im Leo Baeck Institute. Auf die dortigen Digitalisate von in Bonn verlorenen Materialien wird in Kalliope verwiesen.