Geboren wurde Karl Theodor Schäfer am 27. Juli 1900 in Essen. Nach dem Abitur studierte er katholische Theologie in Bonn, Köln und Rom; seine Priesterweihe erhielt er 1924 in Köln. Nach Promotion (1928) und Habilitation (1931) in Bonn wurde er an der dortigen Universität zum Privatdozenten ernannt. 1932 folgte er einem Ruf als außerordentlicher Professor an die Philosophisch-Theologische Hochschule Regensburg und war von 1937 bis 1945 als ordentlicher Professor an der Staatlichen Akademie Braunsberg (seit 1945 Braniewo, Polen) tätig.
1946 kehrte Karl Theodor Schäfer an die Bonner Universität zurück, wo er bis zu seiner Emeritierung 1969 die Professur für das Neue Testament innehatte. In dieser Zeit war er zweimal Dekan der Katholisch-Theologischen Fakultät (1948/49 und 1959/60) sowie Rektor bzw. Prorektor (1956/57 und 1957/58). Zudem war er seit 1952 Mitglied der Verfassungskommission und damit mitverantwortlich für die überarbeitete Satzung der Bonner Universität, die 1960 in Kraft trat. Als Kenner der universitären Verfassungsgeschichte Bonns veröffentlichte er 1968 sein Werk „Verfassungsgeschichte der Universität Bonn 1818 bis 1960“, unter Mitwirkung des Verwaltungsjuristen Gottfried Stein von Kamienski, der von 1954 bis 1961 als Kurator der Universität Bonn tätig war. Dieses Werk findet sich nicht nur in der Hauptbibliothek der ULB Bonn, sondern auch in mehreren Institutsbibliotheken und kann in bonnus recherchiert werden.
Karl Theodor Schäfer verstarb am 04.10.1974 in Bonn.
Die Universitäts- und Landesbibliothek verwahrt einen Teilnachlass von Karl Theodor Schäfer, der ihr vom Collegium Albertinum übergeben wurde; ergänzt wurde dieser durch Unterlagen aus dem Archiv der Universität Bonn. Das Inhaltsverzeichnis ist in bonnus hinterlegt.